Il simbolo del Comune di Merlino è descritto nel Registro Araldico dell'Archivio centrale di Stato del 24 maggio 1975, che riporta:

"Il Presidente della Repubblica decreta che sono concessi al Comune di Merlino in provincia di Milano uno stemma d'argento e una fascia di rosso merlata di cinque, accostata in capo da due fiumi d'azzurro ombrati d'argento e un gonfalone drappo troncato, di rosso e di bianco, riccamente ornato di ricami d'argento e caricato dello stemma sopra descritto con la iscrizione centrata in argento: Comune di Merlino.
Le parti di metallo ed i cordoni saranno argentati. L'asta verticale sarà ricoperta di velluto dei colori del drappo con bullette argentate poste a spirale.
Nella freccia sarà rappresentato lo stemma del Comune e sul gambo inciso il nome.
Cravatta e nastri ricolorati dai colori nazionali frangiati d'argento".